個人事業主の年末調整基礎知識と必要なケースを徹底解説｜確定申告との違いや書類のやり方も紹介

「個人事業主の年末調整は本当に必要なのか？」と悩む方が増えています。特に、【令和7年】の税制改正では基礎控除が【95万円】、給与所得控除が【65万円】へ大きく変更され、事業所得への影響や控除額の見直しが話題です。会社員と異なり、個人事業主は年末調整が原則不要ですが、「従業員や専従者を雇った場合」「副業やアルバイト収入がある場合」など、判断が難しいケースも少なくありません。

「必要な手続きや書類を間違えると損をするのでは？」「控除の適用条件や還付金の計算、改正後の影響がよく分からない…」といった不安を抱える方も多いでしょう。実際、2024年度の国税庁データでも、個人事業主の申告ミスによる追徴課税は毎年1万件以上発生しています。

本記事では、年末調整の基礎知識から2025年改正の最新情報、個人事業主ならではの具体的なケース別対応、さらに還付金の計算例や書類ダウンロードまでを徹底解説。「損失回避」のために今知っておくべきポイントをわかりやすくまとめました。

この先を読むことで、年末調整と確定申告の正しい違いや、あなたに最適な控除の活用法がすぐにわかります。

個人事業主の年末調整とは？基礎知識と2025年改正の影響を徹底解説

個人事業主 年末調整 会社員との違いと仕組み

個人事業主は、会社員と異なり自分自身で税金の申告を行う必要があります。会社員の場合、年末調整によって給与所得から所得税や社会保険料、各種控除が会社で自動的に計算・手続きされます。一方、個人事業主は事業所得が主となるため、年末調整の手続きは不要です。年末調整が必要になるのは、従業員やアルバイトを雇用している場合や、給与所得を同時に得ている場合です。

以下に会社員と個人事業主の違いをまとめます。

区分	年末調整の要否	申告方法	控除の反映時期
会社員	必要	会社が実施	年末調整時
個人事業主（従業員なし）	不要	自分で確定申告	確定申告時
個人事業主（従業員あり）	必要（従業員分）	事業主が実施	年末調整時

年末調整の対象外ケースと例外判定のポイント

個人事業主が年末調整を回避できる主なケースは、事業所得のみで生活している場合です。自らが給与を受け取らず、専従者給与やアルバイトなど、他者に給与を支払う立場の場合は、その従業員分のみ年末調整が必要となります。

• 事業主自身は年末調整不要
• 従業員や専従者に給与を支払う場合は、年末調整が必要
• 副業で会社員をしている場合は、会社で年末調整が行われる

例外として、アルバイトや専従者への給与支払いが発生する場合は、源泉徴収や保険料控除申告書など、各種書類の管理が求められます。正確な判定が難しいケースでは、専門家へ相談するのが安心です。

令和7年税制改正で変わる基礎控除・給与所得控除

2025年（令和7年）から、基礎控除が48万円から95万円へ、給与所得控除も65万円に変更されます。この改正により、個人事業主も確定申告時に基礎控除95万円を適用でき、所得税の負担が軽減されます。

控除項目	2024年まで	2025年以降（令和7年～）
基礎控除	48万円	95万円
給与所得控除	55万円～	65万円

この変更は、青色申告控除や扶養控除と並んで、個人事業主にとっても大きな節税ポイントとなります。確定申告の際は、控除額や必要書類の最新情報を必ず確認し、もれなく手続きを進めてください。

• 控除額の増加で所得税の軽減
• 書類作成や記帳業務は早めの準備が安心
• freeeや弥生などの会計ソフト活用で、効率的な管理が可能

これらのポイントを押さえておくことで、2025年以降も安心して事業運営を続けられます。

個人事業主 年末調整が必要なケース｜従業員・専従者給与・副業の詳細対応

個人事業主は原則として自身の年末調整は不要ですが、例外として従業員や家族（専従者）に給与を支払っている場合、年末調整が必要となります。特に従業員を雇用しているケースや副業で会社員を継続している場合には、正確な手続きが求められます。年度途中から開業した場合や、アルバイトや配偶者に給与を支払う場合も、状況によって年末調整の要否が異なります。以下の表で主なケースを整理します。

ケース	年末調整の必要性
自分のみで事業（従業員なし）	不要
従業員・アルバイトを雇用し給与を支払う	必要
家族へ専従者給与を支払う（青色申告）	必要
配偶者へ給与を支払う（事業専従者）	必要
副業で会社員収入がある	会社で年末調整
従業員なし・外注のみ	不要

個人事業主 年末調整 従業員を雇う場合の手続きフロー

従業員やアルバイトを雇用して給与を支払う場合、年末調整の手続きが必要です。まず「給与支払事務所等の開設届出書」を税務署に提出し、事務所を開設します。その後、従業員から「扶養控除等申告書」など必要書類を回収し、毎月の給与から源泉徴収を実施します。年末には1年間の所得税額を精算し、還付・追加徴収を行います。手続きの流れは以下の通りです。

1. 給与支払事務所開設届出の提出
2. 従業員からの申告書類の回収
3. 毎月の源泉徴収
4. 年末調整の計算・還付または追加徴収
5. 法定調書や給与支払報告書の提出

個人事業主 従業員 年末調整 やり方と必要書類リスト

従業員の年末調整には、以下の書類が必要です。正確な準備と提出が求められます。

書類名	内容・用途
扶養控除等申告書	控除対象配偶者や扶養親族などを申告
保険料控除申告書	生命保険料・地震保険料の控除額を記載
配偶者控除等申告書	配偶者控除・配偶者特別控除の対象を記載
給与支払報告書	各従業員の給与額等を市区町村へ報告
法定調書合計表	源泉徴収票や支払調書をまとめて税務署へ提出

書類の内容や記載方法は国税庁公式サイトからダウンロードできる見本を参考にすると便利です。

個人事業主 年末調整 専従者給与の青色申告特例と注意点

家族に事業専従者給与を支払っている場合、青色申告特別控除を適用することで節税が期待できます。ただし、「青色事業専従者給与に関する届出書」を税務署に事前提出し、適正な給与額であることが要件です。適用には全ての条件を満たす必要があるため、金額設定や支給実態、書類管理に注意しましょう。

• 届出書の提出が必要
• 労務実態に見合った合理的な給与額
• 支給日・支給額の帳簿記載
• 家族が事業に専ら従事していること

青色事業専従者 年末調整の源泉徴収義務と計算方法

専従者への給与支払いでも、源泉徴収と年末調整が発生します。2025年以降、給与所得控除の改正もあり、控除額や計算方法が変わる点に注意が必要です。計算手順は以下の通りです。

1. 支給総額から給与所得控除を差し引く
2. 所得税率表で税額を計算
3. 毎月の源泉徴収額との差額を年末調整で精算

専従者への支払額が適切か、控除の適用漏れがないかを確認し、正確な計算を心がけましょう。最新の控除額や税率は国税庁の案内ページを参照することが重要です。

個人事業主 年末調整 不要の場合の確定申告代替手順

年末調整不要の法的根拠と確定申告スケジュール

個人事業主は、会社員と異なり年末調整の対象ではありません。これは、給与所得者が会社で源泉徴収された税額の調整を受けるのに対し、個人事業主は自身で事業所得や必要経費をまとめて確定申告を行うためです。確定申告の期限は毎年3月15日までとなっており、この期間内に所得や控除の計算、必要な書類の提出が必要です。
年末には、帳簿の整理や経費の確認、売上と収入の集計を行っておくと、スムーズに申告手続きが進められます。青色申告を選択している場合は、特別控除や専従者給与の扱いにも注意が必要です。

申告内容	対象者	申告期限	必要書類
確定申告	個人事業主	3月15日	収支内訳書、控除証明書、帳簿など
年末調整	会社員	12月	源泉徴収票、各種控除申告書

個人事業主 年末 やることリストとチェックポイント

• 帳簿・領収書の整理
• 収入・経費の集計
• 必要書類の準備（控除証明書、収支内訳書など）
• 開業届・青色申告承認申請が未提出の場合は確認
• 専従者給与の支払い状況の整理

開業届や青色申告承認申請は、事業開始から原則2か月以内に提出が求められます。青色申告を選択することで、最大65万円の特別控除や家族への専従者給与が認められるため、節税効果を高めたい場合は早めの申請が重要です。特に年末時点で未提出の場合、翌年以降の適用となるため、申請タイミングの見落としに注意してください。

副業・転職時の個人事業主 年末調整 副業・転職対応

副業やアルバイトと個人事業主を兼業している場合、それぞれの所得区分ごとに手続きが必要です。会社員として給与を受けている場合は、会社が年末調整を実施しますが、個人事業主としての所得や専従者給与などは自身で確定申告を行います。
二重所得になる場合、以下の流れで対応します。

• 会社からの源泉徴収票を入手
• 事業所得・給与所得をまとめて確定申告書に記載
• 所得控除や社会保険料控除も合算
• 還付金が発生する場合は、確定申告で受け取る

このように、給与所得と事業所得を合算し申告することで、正しい税額計算と還付金の受け取りが可能です。特に副業やバイト収入がある場合、所得区分を誤ると還付金や控除に影響するため、正確な手続きが重要です。

年度途中から個人事業主 年末調整の特例処理

年度途中で会社員から個人事業主へ転向した場合は、以下の特例処理が必要です。

• 転職前の会社から源泉徴収票を受け取る
• 転職後の事業所得と給与所得を合算
• 必要に応じて専従者給与や家族の雇用状況も申告
• 確定申告時にすべての所得・控除をまとめて申告

この場合、会社員時代に発生した給与所得は源泉徴収票、個人事業主としての所得は収支内訳書でそれぞれ管理します。中途転職者や年度途中から開業したケースでも、確定申告で正しく所得と控除を申告することで、税金の過不足を解消できます。特に、各種控除の申請漏れや書類の紛失に注意し、事前にしっかりと準備しておくことが大切です。

個人事業主 年末調整 書き方と用紙ダウンロード・記入例

個人事業主として事業を営む場合、年末調整の仕組みや必要書類について正しく理解しておくことが大切です。会社員とは異なり、個人事業主は通常年末調整の対象外ですが、従業員や専従者を雇っている場合は手続きが発生します。まずは年末調整の基本的な流れと、必要となる用紙や記入例について解説します。

年末調整でよく使われる書類は、国税庁の公式サイトから最新の様式をダウンロードできます。提出書類の主な種類は以下の通りです。

書類名	用途	主な記載内容
給与所得者の基礎控除申告書	従業員の所得控除申告	氏名・住所・所得見積額等
配偶者控除等申告書	配偶者がいる場合の控除申告	配偶者の所得・生年月日等
扶養控除等申告書	扶養親族がいる場合の申告	扶養親族の情報

記入例は用紙ごとに異なりますが、重要なのは正確な所得や控除対象の情報を記載することです。特に専従者給与やアルバイトを雇っている場合は、従業員ごとに対応が必要です。

年末調整 会社に提出する書類と個人事業主版記入例

• 基礎控除申告書・配偶者控除申告書の事業所得対応

会社員は年末調整時に複数の申告書を会社へ提出しますが、個人事業主が従業員を雇用している場合も同様です。事業所得を持つ専従者やアルバイトにも適切な控除申告が必要です。基礎控除申告書や配偶者控除申告書は、従業員・専従者ごとに個別に記入・回収することが求められます。

提出までの流れは以下の通りです。

1. 必要な申告書を従業員・専従者へ配布
2. 記入・回収後、内容を確認し控除額を計算
3. 記入済み書類を保管し、税務署に提出

控除の適用に誤りがあると税額計算に影響するため、所得や家族構成を正確に記載しましょう。

令和7年 年末調整 用紙の新様式と電子申告手順

• 特定親族特別控除申告書の統合様式解説

令和7年分から、年末調整の申告用紙は新様式が導入されています。特定親族特別控除に関する申告書が統合され、記入項目が整理されました。最新の用紙は国税庁ホームページで入手可能です。

電子申告を活用する場合、freeeやMoney Forwardなどのクラウドツールを利用すると、入力ミスや記入漏れを防ぎやすくなります。電子申告の手順は次の通りです。

• 専用ソフトまたはクラウドサービスで申告書を作成
• e-Taxにデータを送信
• 受付結果を保存・控除額を確認

電子化により手続きが効率化されるため、業務の負担軽減につながります。

個人事業主 年末調整 自分で実施する場合の注意点

• 紙ベース vs 電子申請のメリット比較

個人事業主が自ら年末調整を行う場合、紙と電子申請のどちらを選ぶかが重要なポイントです。それぞれのメリットを表にまとめます。

方法	メリット	注意点
紙ベース	手続きがシンプル、電算環境不要	記入ミスや郵送手続きの手間あり
電子申請	データ管理が容易、計算ミス防止	初期設定や操作に慣れが必要

電子申請はfreeeや弥生などの会計ソフトとの連携が可能で、控除計算や書類作成が自動化されます。紙の場合は最新の様式を使用し、提出期限や記載内容をしっかり確認してください。

どちらの場合も、記載ミスや提出漏れがないよう最終チェックを徹底することが必要です。扶養控除や専従者給与、配偶者控除など各種控除の申告書は、従業員の状況ごとに正しく管理しましょう。

個人事業主 年末調整 還付金計算と控除最適化シミュレーション

主な控除一覧：基礎控除・配偶者控除・青色控除の組み合わせ

個人事業主が還付金を最大限に受けるためには、基礎控除や配偶者控除、青色申告特別控除など複数の控除を組み合わせることが重要です。令和7年の改正では、控除額や適用条件が一部見直されています。主な控除の内容とポイントを以下の表にまとめました。

控除名	控除額	主な適用条件
基礎控除	48万円	所得2,400万円以下
配偶者控除	最大38万円	配偶者の合計所得48万円以下
青色申告控除	最大65万円	正規帳簿の作成・期限内申告
扶養控除	最大63万円	扶養親族の年齢・続柄による
社会保険料控除	支払額全額	国民年金・健康保険等の納付実績

これらの控除を正しく適用すると、所得税や住民税の負担が大きく軽減されます。特に青色申告控除は、電子申告や帳簿管理を行うことで最大65万円まで引き上げられ、節税効果が高まります。

個人事業主 還付金 シミュレーション事例（年収300万円ケース）

年収300万円の個人事業主が、基礎控除や青色申告控除を利用した場合の還付金の目安を試算します。事業所得が130万円、各種控除を最大限活用したケースです。

年収	事業所得	基礎控除	青色控除	配偶者控除	所得控除合計	課税所得	概算税額	源泉徴収との差額（還付金）
300万円	130万円	48万円	65万円	38万円	151万円	0円	0円	差額分が還付される

このように、控除額を最大限活用することで課税所得がゼロとなり、納付していた所得税や住民税の一部が還付される可能性があります。実際の還付金額は、源泉徴収されている金額やその他の控除状況により異なるため、詳細は確定申告時にシミュレーションツールを活用しましょう。

年末調整 還付金早見表と計算ツール活用

年末調整や確定申告で還付金額を把握するには、各種控除の適用後に課税所得を計算することが重要です。給与所得控除や基礎控除、青色申告特別控除を反映させると、還付額の目安がわかりやすくなります。

年収	控除合計	課税所得	還付金目安
250万円	120万円	130万円	約3万円
300万円	151万円	0円	最大納付分
400万円	180万円	220万円	約8万円

効率よく還付金を計算したい場合は、オンラインの還付金計算ツールやシミュレーションサービスを利用するのが便利です。主要な会計ソフト（freee、Money Forward、弥生など）では、控除額や源泉徴収額を入力するだけで自動的に還付金額を算出できます。これにより、控除の見落としや計算ミスを防ぎ、最適な税金管理が可能となります。

還付金の受け取りには確定申告が必須ですので、必要書類や手続きの流れを事前に確認し、期限内に提出しましょう。各種控除の適用条件や最新の法改正にも注意を払い、毎年最適な節税対策を行うことが重要です。

個人事業主 年末調整 配偶者・家族・アルバイトのケース別対応

個人事業主 年末調整 配偶者の扶養控除と123万円の壁変更

個人事業主が配偶者を扶養に入れる場合、年末調整における所得制限が大きく関わります。従来の「103万円の壁」が「123万円の壁」へと引き上げられ、配偶者特別控除の適用基準も変更されました。これにより、配偶者の年間所得が58万円以下であれば、控除の対象となるため、家計にとって有利な条件となっています。

配偶者控除・配偶者特別控除のポイントを下記にまとめます。

項目	旧基準（103万円）	改正後（123万円）
年間所得上限	103万円	123万円
控除対象の所得	48万円以下	58万円以下
主な影響	扶養控除制限	控除範囲拡大

この改正により、配偶者がパートやアルバイトで収入を得ている場合でも、従来より多くの方が配偶者控除や配偶者特別控除を受けられるようになりました。控除を受けるためには、確定申告時に正確な所得計算と書類の用意が必要です。配偶者の収入が上限を超えないよう、年末に収入総額を確認しましょう。

扶養親族所得要件改正と年末調整影響

扶養親族の所得要件が改正され、旧来の103万円から123万円へと引き上げられたことで、より多くの家族が扶養控除の対象になりました。以下は、主な変更点と年末調整への影響をまとめた事例です。

• 所得要件を超えると控除が受けられなくなるため、年間収入の管理が重要です。
• 配偶者や親族の収入が基準を超えた場合、扶養控除が適用されなくなります。
• 年末調整で扶養控除を適用する場合、収入証明や必要書類の提出が求められます。

具体的なケースでは、家族が副業やパート、アルバイトで得る収入が増えると扶養控除から外れる可能性があるため、年末までに収入を把握し、適切な手続きを行うことが大切です。

個人事業主 年末調整 アルバイト雇用時の源泉徴収

個人事業主としてアルバイトを雇用する場合、年末調整の義務や源泉徴収の取り扱いに注意が必要です。アルバイトの給与は原則として源泉徴収の対象となり、毎月の給与支払時に所得税を控除し、翌月10日までに納付する必要があります。

アルバイトの給与に対する年末調整のポイントは以下の通りです。

内容	詳細
源泉徴収の義務	必ず実施
年末調整の対象	従業員が1人でもいれば必要
必要な書類	給与所得者の扶養控除等申告書など
計算ツール	freee・弥生の年末調整機能が便利

簡易的な計算方法としては、国税庁の「源泉徴収税額表」を利用し、支給額に応じた税額を正確に控除します。アルバイトが複数いる場合は、各人の扶養控除申告書を必ず回収し、年末調整手続きを行うことで、税金の過不足が発生しないように管理しましょう。業務効率化にはクラウド会計ソフトの活用も有効です。

【ポイント】
– アルバイト従業員がいる場合、年末調整は義務となる。
– 適切な源泉徴収と書類管理でトラブルを回避できる。
– 専門ツールの利用で手続きが簡略化できる。

年末調整の正確な実施は、個人事業主自身の信頼性向上や従業員満足にも直結します。

個人事業主 年末調整におすすめ会計ソフト機能・料金比較

個人事業主が年末調整や確定申告を効率化するためには、会計ソフトの選定が重要です。主要な会計ソフトであるfreee、Money Forward、弥生は、2025年度の法改正にも対応した機能を搭載しており、従業員の年末調整や専従者給与の管理もスムーズに行えます。下記の比較表は、各ソフトの主な機能と料金体系、サポート面を一目で確認できる内容です。

ソフト名	年末調整自動作成	専従者給与管理	従業員管理	源泉徴収票出力	無料プラン/体験	月額料金（税込）	サポート体制
freee	〇	〇	〇	〇	〇（30日間）	1,628円～	チャット・電話
Money Forward	〇	〇	〇	〇	〇（30日間）	1,408円～	メール・電話
弥生	〇	〇	〇	〇	〇（最大2カ月）	880円～	電話・メール

各ソフトは、年末調整の自動作成だけでなく、配偶者やバイト、アルバイト従業員への対応も万全です。特にfreeeとMoney Forwardはクラウド型で、スマートフォンからも操作しやすい設計となっています。

人気会計ソフトの年末調整自動作成機能詳細

freee、Money Forward、弥生の会計ソフトは、年末調整の自動化機能が充実しています。たとえばfreeeでは、従業員の給与情報や保険控除額などを入力するだけで、源泉徴収票や年末調整書類を自動作成。法改正にも迅速に対応し、令和7年以降の変更点もアップデートされています。

Money Forwardも、専従者給与や配偶者の管理、扶養控除額の自動計算に強みがあり、確定申告との連携もスムーズです。弥生は、直感的な操作で従業員管理やバイト・アルバイトの年末調整も簡単に行えます。これらのソフトは、年末調整のやり方や書き方が分からない場合も、ガイド機能やサポートが充実しているため、初めての方でも安心して利用できます。

無料プラン・トライアルの年末調整対応範囲

主要な会計ソフトは、無料プランやトライアル期間中でも年末調整の基本機能が利用できます。freeeとMoney Forwardは30日間、弥生は最大2カ月の無料体験があり、従業員の情報登録や源泉徴収票の自動作成、年末調整書類の出力が可能です。

また、無料プランで利用できる機能には制限がある場合もあるため、従業員数や必要な書類の種類、管理したい項目に応じて有料プランへの切り替えを検討すると良いでしょう。無料期間中に実際の業務フローを確認し、最適なソフトを選ぶことが効率化の鍵となります。

サポート相談窓口と導入事例

freee、Money Forward、弥生は、それぞれ専用のサポート窓口を設けており、電話やチャット、メールでの相談が可能です。年末調整や確定申告に関する疑問やトラブルにも迅速に対応しており、特に初めて会計ソフトを使う個人事業主にも安心です。

実際に多くの個人事業主が、これらの会計ソフトを導入することで、手作業によるミスを大幅に削減し、確定申告の準備や年末の事務作業を効率化しています。導入事例では、「従業員の年末調整を一括で処理できた」「還付金の計算ミスがなくなった」などの声が多く、業務の負担軽減と正確な申告が実現されています。

令和7年年末調整完全対応｜スケジュール・注意点・最新情報まとめ

年末調整 期限 過ぎた場合の対応とペナルティ

年末調整の手続きは、毎年1月31日が法定調書提出の締め切りです。この期日を過ぎてしまうと、税務署からの指摘や追徴課税などペナルティが科される可能性があります。特に個人事業主が従業員の年末調整を怠った場合、源泉徴収票や給与支払報告書の提出遅延は、従業員の税務申告や各種控除申請にも影響するため注意が必要です。

下記のテーブルで、期限超過時の対応策と主なリスクを確認しましょう。

状況	必要な対応	主なリスク
締切前	速やかに必要書類を準備	特になし
締切後	税務署へ理由書を添え追加提出	過少申告加算税、延滞税の発生
大幅遅延	速やかな相談と是正処置	青色申告取消、信用低下

提出期限を過ぎた場合は、速やかに税務署へ連絡し、事情説明と共に必要書類を提出することが重要です。

個人事業主 従業員 年末調整 いつまでの提出期限

個人事業主が従業員の給与支払いを行っている場合、年末調整の書類提出期限にも十分注意しましょう。主な書類と期限は以下の通りです。

• 源泉徴収票：1月31日までに従業員へ交付と税務署提出
• 給与支払報告書：1月31日までに各自治体へ提出

源泉徴収票と給与支払報告書は同時に作成・提出することで、手続きミスを防げます。

また、専従者給与やアルバイトを雇用している場合も同様に、正確な情報記載と期限厳守が求められます。提出遅延は従業員の還付金受取や扶養控除申告に悪影響を及ぼすため、計画的な管理を心がけましょう。

最新改正の事業所得者向け影響と対策

令和7年の改正点として、勤労学生控除の要件が「85万円以下の所得」に変更されました。これにより、学生アルバイトを雇う個人事業主や従業員がいる場合、控除対象となる範囲が拡大し、より多くの方が税負担軽減の恩恵を受けられます。

活用ポイント

• 勤労学生控除を受ける従業員には、所得見込みを早めに確認
• 控除適用のための書類は正確に記入・提出
• ケースによっては家族や配偶者も対象となるため、年収や扶養状況を見直す

下記リストの流れで、見落としを防ぎましょう。

1. 従業員の所得を確認
2. 控除対象者には必要書類を配布
3. 書類回収後、正しく年末調整を実施
4. 変更点がある場合は速やかに自治体・税務署へ届け出

最新の改正内容を把握し、早めの準備でスムーズな年末調整を心がけてください。